Han pasado 4 años, 7 meses y 10 días después de los eventos de Halo 3, el juego comienza con un investigador de la ONI y la Dra. Revelando que el gobierno desea conocer la clave del éxito del jefe maestro, para reemplazarlo.
En el juego john se da cuenta de que cortana esta fallando y no se puede recuperar, pero hay una solución, encontrar a la Dra. Halsey y repararla . Mientras buscan a la doctora se encuentran con los caballeros prometeos creados por el didacta y asu creador mismo el didacta. Alfinal del juego john y cortana vuelven a la tierra para detener al didacta de acabar con la la humanidad.
En el juego john se da cuenta de que cortana esta fallando y no se puede recuperar, pero hay una solución, encontrar a la Dra. Halsey y repararla . Mientras buscan a la doctora se encuentran con los caballeros prometeos creados por el didacta y asu creador mismo el didacta. Alfinal del juego john y cortana vuelven a la tierra para detener al didacta de acabar con la la humanidad.